Подрядчиков, желающих взяться за постройку искусственных и гражданских сооружений, кроме больших мостов, не оказалось. Незначительные предложения отдельных частных лиц всегда сопровождались весьма высокими ценами. В результате подрядчики были заняты лишь на земельных работах, балластировке и укладке пути, постройке больших мостов. Деревянные мосты, путевые и станционные постройки, заготовка строительного материала и другие работы исполнялись хозяйственным и частично смешанным способами. Подрядные работы были по существу монополизированы крупнейшими подрядчиками: 13% лиц сосредоточили в своих руках 71% подрядных сумм. Это были главным образом выходцы из Европейской России, взявшие 97% подрядных сумм. Местные силы были представлены рядчиками и мелкими подрядчиками, располагавшими не более 1,8 тыс. руб. подрядных сумм на каждого.

Местные власти молчаливо посматривали на эти беззакония, потому что были материально заинтересованы в деле.
Вообще в организации подрядных работ на магистрали протекция играла не последнюю роль, принося казне значительные убытки. Знаменитое «дело подрядчика Я.Ф. Фомина» не могло возникнуть, если бы не протекция члена Временного Управления казенных железных дорог В. Н. Печковского и самого царя, няней детей которого была супруга подрядчика. В результате без затраты своих средств Фомин добился подряда на сумму 0,6 млн. руб., его не исполнил и тем не менее получил с казны 38 тыс. руб. да предъявлено было претензий к казне на сумму 52,5 тыс. руб.

Деятельность этого подрядчика была типичной для других самостоятельных контрагентов на магистрали. Особенностью ее было:
1) громадная помощь казны в организации и финансировании работ;
2) значительный частный кредит, пополняемый комиссионными в счет сдачи части подряда для исполнения мелким подрядчикам;
3) незначительная сумма личных оборотных средств, вкладываемых в дело и 4) очень высокий процент валовой прибыли.
Почти половина (44%) суммы подряда исполнялась за счет казенных субсидий, а частный кредит (9,5%), комиссионные вознаграждения (10%) и собственные оборотные средства (5%) едва составляли четверть подрядной суммы. Казна играла ведущую роль в деятельности частного капитала на строительстве Сибирской магистрали. Это особенно заметно в системе льгот, представляемых подрядчиками: в повышении цен, отсрочках с исполнением подряда, возвратных штрафных денег, досрочном освобождении от залогов, неоднократных, понудительных нарядах и предупреждениях, в обеспечении рабочей силой, провиантом, фуражом, инструментом, рабочими лошадьми, жилищами.

Оборотный капитал подрядчика был составлен частично из собственных средств, но гораздо больше из ежегодных казенных субсидий (1891 — 1896 гг. около 150 тыс. руб.), из средств, полученных от повышений цен на строительные работы (в 1891 —1897 гг. повышали 12 раз), отсрочек с исполнением подряда (4 раза), кре-дита, предоставленного торговым домом «Кунст и Аль-берс» (288 тыс. руб.), наконец, откровенного грабежа поставщиков, мелких рядчиков (до 3000 тыс. руб.) и рабочих. Строительное Управление оказало ему помощь выгодными подрядами, наймом 300 ссыльных каторжан с острова Сахалина, передачей казенных рабочих и наймом рабочей силы в соседних государствах. Оно позволило ему использовать дешевый цемент немецкого производства, заготовленный торговым домом «Кунст и Альерс», а также японский цемент завода Лафарт Ассано в окно по более высокой цене русского португальского цемента.

Указанный в отчете способ работ, по существу мало отличавшийся от хозяйственного и причисленный к подрядному только потому, что с этими лицами были заключены письменные договоры, имел все же ограниченное распространение на Уссурийской дороге. Таким полухозяйственным способом здесь было исполнено 8% работ на сумму 3,5 млн. руб. Строительное Управление по мере приобретения строительного опыта и увеличения трудностей усиливало свое вмешательство в ход работ (с 4% хозяйственных работ на Южном до 12% на Северном участках).
Оно старалось оказывать помощь в первую очередь солидным подрядчикам, обеспечивавшим широкий фронт работ, помогал вместе с тем небольшими суммами мелким подрядчикам и рядчикам, постоянно требовавшим авансы. «В момент начала работ — писал О. П. Вяземский, — около дороги стояла лишь небольшая группа рядчиков с ничтожными материальными средствами, с неизвестными никому организаторскими способностями и без всякого почти строительного и предпринимательского прошлого.

Это объясняет особую осторожность, с которой крупный сибирско-европейский частный капитал шел на Сибирскую дорогу, а также чрезвычайную пестроту в способах организации работ и многочисленные отступления, допускавшиеся строительной администрацией от правовых норм, регулировавших отношение казны и подрядчиков. Строительной администрации приходилось применять разнообразные способы организации работ: хозяйственные, полухозяйственные с участием рядчиков и мелких подрядчиков, а также подрядные.
На строительстве Уссурийской дороги 3/4 лиц, занимавшихся подрядными работами, обладали ничтожным капиталом. Строительное управление предпочитало основные работы раздавать крупным подрядчикам, а множество доделок и мелких работ по устным соглашениям поручать для исполнения большому числу местных рядчиков из крестьян, мещан, отставных чиновников, военных и казаков, корейцев и китайцев, мигрировавших в приграничной зоне. 76% лиц, исполнявших подрядные работы, были по существу рядчиками у остальных 24% лиц, заключившими контрагентские договоры.

Наводнение в долине р. Уссури трижды уничтожало. В 1895—1896 гг. времянку, снося мосты, гати, особенно на Хехцирском перевале и в разливах рек Подхоренок и Пашенная. Сообщение поддерживалось вьючным транспортом и на лодках над затопленной временной гужевой дорогой. Работы производились но колено в воде, чтобы не задерживать пропуска поездов. К этому следует добавить эпидемии сибирской язвы в 1894 и 1897 гг. и чумы Б 1895 г., прекративших конные работы и сообщение из-за карантина, военную мобилизацию, реквизирование части обывательских и подрядческих лошадей; эпидемию холеры в 1895г., оставившую подрядчиков без конной тяги, рабочей силы, возчиков и десятников: небывалые разливы рек из-за дождей в 1896 г.